苹果柠檬酸合酶3基因家族成员鉴定及表达分析

柠檬酸合酶(citrate synthase 3, CS3)是细胞代谢途径中的关键酶之一,其活性调节着生物体的物质和能量代谢过程。本研究旨在从苹果全基因组中鉴定CS3基因家族成员,并进行生物信息学和表达模式分析,为研究苹果CS3基因的潜在功能提供理论基础。利用BLASTp基于GDR数据库鉴定苹果CS3家族成员,通过Pfam、SMART、MEGA5.0、clustalx.exe、ExPASy Proteomics Server、MEGAX、SOPMA、MEME和WoLF PSORT等软件分析CS3蛋白序列基本信息、亚细胞定位情况、结构域组成、系统进化关系以及染色体定位情况。利用酸含量的测定和实时荧光定量PCR (real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction, qRT-PCR)技术检测苹果6个CS3的组织表达和诱导表达特性。苹果CS3基因家族包含6个成员,这些CS3蛋白包括473−608个不等的氨基酸残基,等电点分布在7.21−8.82。亚细胞定位结果显示CS3蛋白分别定位在线粒体和叶绿体。系统进化分析可将其分为3类,各亚家族基因数量分别为2个。染色体定位结果显示,CS3基因分布在苹果不同的染色体上。蛋白二级结构以a-螺旋为主,其次是无规则卷曲,b-转角所占比例最小。筛选的6个家族成员在不同苹果组织中均有表达,整体表达趋势从高到低依次为MdCS3.4相对表达含量最高,MdCS3.6次之,其他家族成员相对表达量依次为MdCS3.3>MdCS3.2>MdCS3.1>MdCS3.5。qRT-PCR结果显示,MdCS3.1和MdCS3.3基因在酸含量较低的‘成纪1号’果肉中相对表达量最高,酸含量较高的‘艾斯达’果肉中MdCS3.2和MdCS3.3基因相对表达量最高。因此,本研究对不同苹果品种中CS3基因相对表达量进行了检测,并分析了其在苹果果实酸合成过程中的作用。结果表明,CS3基因在不同苹果品种中的相对表达量存在差异,为后续研究苹果品质形成机制提供了参考。     

Morphological differentiation among populations of Sarotherodon melanotheron melanotheron Rüppell 1852 across the West African Lagoon systems (Benin,Cameroon, Nigeria,Togo)

Morphometric variation among populations of Sarotherodon melanotheron melanotheron across its natural range (Mahin, epe, Lekki, Apese, Kuramo, Lagos, Iyagbe, Ologe, Badagry, Yewa – Nigeria; Be Lagoon – Togo; Idenau – Cameroon, Aheme – Benin; Portonovo – Benin) were studied to assess the level of differentiation of one of the populations that is currently isolated from the rest, the Apese Lagoon population. S. m. melanotheron showed subtle differentiation from some of the other lagoon populations. However, the pattern of variation did not reflect the level of geographical barriers or geographical distance among populations. The characters that form the basis of the differentiation observed were mostly those related to feeding, vision and respiration.     

The role of fish-poultry integration on fish growth performance,yields and economic benefits among smallholder farmers in sub-Saharan Africa,Tanzania

Aquaculture practices from sub-Saharan Africa are characterised by low production, owing to improper technology. Production can be increased through integrating fish farming with other existing on-farm activities, particularly livestock husbandry. We assessed the role of fish-poultry integration on all male Nile tilapia, Oreochromis niloticus growth performance, yields and economic benefits among smallholder farmers in sub-Saharan Africa, Tanzania. The study also compared phytoplankton species composition, abundance and biomass between the fish-poultry integration and non-integrated system. After 180 days of the experiment, all male O. niloticus cultured under fish-poultry integration exhibited significantly higher growth rates than those in the non-integrated system (p < 0.05). Gross fish yield (GFY), net fish yield (NFY) and net annual yields (NAY) obtained from fish-poultry integration were significantly higher than those from non-integrated system (p < 0.05). Partial enterprise budget analysis revealed that fish-poultry integration was more profitable than the non-integrated system. Moreover, fish-poultry integrated system produced significantly higher phytoplankton abundance and biomass than those from the non-integrated system. Results demonstrate that rural smallholder farmers can achieve higher growth rate, farm net yields and income by integrating all male O. niloticus with other on-farm activities than practising a stand-alone fish culture system.     

KLF8表达修饰及致瘤机制研究进展

KLF8(Krüppel-like factor 8)是Krüppel 样转录因子家族最新成员。KLF8广泛表达于皮肤、脂肪、食道等组织中。早期研究表明,KLF8蛋白具有转录抑制活性,在胚胎发育过程中起重要作用。而近些年大量的研究发现KLF8在多种肿瘤组织中异常高表达,具有转录活化因子活性,可通过对细胞增殖、迁移、侵袭、EMT、细胞干性等多项生理过程调控促进肿瘤发生发展。综述了近年来KLF8研究进展,系统阐述了KLF8表达修饰调控及致瘤机制,为全面深入了解KLF8在肿瘤中作用及后续相关研究提供参考。     

利用CRISPR/Cas9技术建立敲除JAK2基因K562细胞系

目的:利用CRISPR/Cas9技术对K562细胞系JAK2基因进行编辑,构建JAK2基因敲除的K562细胞系。方法:使用CRISPR在线设计工具,针对JAK2基因设计sgRNA,构建Cas9-sgRNA共表达质粒。使用第二代慢病毒包装系统包装慢病毒并感染K562细胞,提取细胞基因组DNA,Sanger测序和TA克隆检测基因编辑活性。无限稀释法将编辑阳性的细胞接种于96孔板并扩培得到单克隆细胞株,提取基因组DNA,Sanger测序和TA克隆分析敲除JAK2单克隆细胞的基因型。结果:成功构建靶向敲除JAK2基因的lentiCRISPRv2-sgRNA3-1质粒。优化方案得到低细胞毒性高转染效率的感染K562细胞慢病毒量。CRISPR/Cas9系统成功在JAK2基因sgRNA3-1识别位点发挥基因组编辑活性,获得纯合敲除JAK2基因细胞株K562-JAK2~(-/-)(两个等位分别发生移码突变,预期编码没有功能的JAK2蛋白)。结论:CRIAPR/Cas9系统通过慢病毒感染方式获得JAK2基因纯合敲除的K562细胞株,该细胞模型可用于研究在慢性髓系白血病中JAK2基因的作用,为构建K562敲除其他基因细胞系提供实验依据,为探究造血分化机制的研究奠定实验基础。     

有色大麦种质芽期耐盐性鉴定

以44份有色大麦种质为试材,通过测定发芽势、发芽率、发芽指数、萌发活力指数结合两个颜色指标YU(颜色亮度和浓度)进行芽期的耐盐性鉴定,并运用相关性分析、主成分分析、聚类分析等方法对有色大麦材料进行多指标耐盐性综合评价。结果表明,发芽率和发芽指数对盐胁迫响应最为敏感,芽长和根长对盐胁迫响应较为迟钝;粒色亮度与耐盐性综合评价F值呈显著负相关;粒色浓度与耐盐性综合评价F值呈显著正相关;综合指标F值相关分析表明,颜色越深,耐盐性越强;用综合指标F值,可将44份有色大麦分为4类,其中强耐盐材料包括XZDM-1401、XZDM-1404、XZDM-1543、XZDM-1546等4份,中等耐盐性包括XZDM-926、XZDM-957、XZDM-972等16份,弱耐盐性包括XZDM-815、XZDM-1606、XZDM-1030等12份,敏盐性包括XZDM-973、XZDM-1042、XZDM-1318等12份。     

籼粳稻杂交衍生RIL系的苗期抗旱性评价

为鉴定籼粳稻杂交衍生系的苗期抗旱性,以课题组自育的高代抗逆品系ZD15为母本、籼稻品种IR29为父本,以及杂交衍生的重组自交系群体120份为试验材料,利用PEG-6000对各材料苗期进行干旱胁迫处理,测定根长、根冠比、地上部鲜重、地下部鲜重、地上部干重和地下部干重;利用PEG-6000对各材料芽期进行干旱胁迫处理,测定芽鞘长和芽长。采用主成分分析和隶属函数法对各材料的抗旱性进行综合评价,根据综合抗旱D值可将122份材料分成3类,D值在0.201～0.400之间的有33份,属于不抗旱材料;D值在0.401～0.600之间的有79份,属于中等抗旱材料;D值在0.601～0.800之间的有10份,属于抗旱材料。利用D值进行逐步回归分析,结果表明根长、根冠比、地上部鲜重、地下部鲜重、地上部干重、地下部干重、芽鞘长和芽长8个性状均可作为水稻苗期抗旱性的评价指标。本研究筛选出的抗旱材料,可作为育种中间材料进一步培育,或作为育种资源加以利用,以丰富本区水稻育种的资源库。     

黄淮海地区玉蜀黍黑粉菌群体遗传结构分析

利用17个多态性ISSR引物对2017年在我国黄淮海地区采集的41株玉蜀黍黑粉菌Ustilago maydis样本进行了种群遗传结构分析。基于UPGMA法和贝叶斯模型对玉蜀黍黑粉菌群体遗传结构分析显示,采集的样本可以分为两大群,且种群的划分表现出了与来源地理纬度的一致性。因此按照各样本所属地理纬度将样本分为北纬33°-34°、北纬35°-36°、北纬37°-38° 3大种群。结果表明,分离自北纬33°-34°地区的玉蜀黍黑粉菌遗传多样性最丰富,Nei’s基因多样性（H）为0.2216,Shannon指数（I）为0.3300。分子方差分析（AMOVA）显示,变异中来自种群内部的变异为86%,种群间变异14%（φpt=0.141）。